Hệ vi sinh có vai trò quan trọng sống còn cho một hồ thủy sinh, chúng lọc nước và đảm bảo chất lượng nước phù hợp cho cá tép, thực vật trong hồ. Một hệ vi sinh ổn định sẽ đảm bảo một môi trường ổn định cho hồ thủy sinh, ngược lại hệ vi sinh có vấn đề, quá tải thì sẽ gây tình trạng bùng phát rêu hại, cá tép bệnh tật, nước đục, có mùi, độc…
Khi hồ thủy sinh bị mất cân bằng vì một lý do nào đó, rêu hại sẽ xuất hiện để hấp thụ lượng năng lượng dư thừa, khi hấp thụ hết nó sẽ tự động biến mất.